Bangunan ini merupakan rumah orang Belanda (Gevangenis Laan) yang didirikan pada tahun 1915 dengan gaya Eropa dikombinasikan arsitektur Jawa. Pemilik terakhir sebelum ditempati Ki Hajar Dewantara adalah janda penguasa perkebunan Belanda bernama Mas Ajeng Ramsinah, kemudian dibeli oleh Tamansiswa pada 14 Agustus 1934 dengan harga f 3000 (tiga ribu gulden). Pada 18 Agustus 1951, pembelian tersebut dihibahkan pada Yayasan Tamansiswa. Tanggal 2 Mei 1970, museum diresmikan dan dibuka untuk umum oleh Nyi Hajar Dewantara. Peresmian ini ditandai dengan sengkalan yang berbunti: Miyat Ngaluhur Trusing Budi, yang bermakna para pengunjung diharapkan dapat mempelajari, meresapi, menghayati isi museum untuk selanjutnya dapat menciptakan gagasan-gagasan baru.

Dilansir dari laman cagar budaya kemdikbud, bahwa konstruksi bangunan cukup kokoh karena bahan yang digunakan berkualitas tinggi. Kayu jati, tembok berukuran satu bata merah, tegel yang indah dan kuat merupakan unsur-unsur kekokohan bangunan.

Lokasi cagar budaya ini berada di Jl. Taman Siswa No. 31, No No.25, Wirogunan, Mergangsan, Yogyakarta City, Special Region of Yogyakarta 55151